对于宋高宗的出尔反尔，岳飞十分愤慨，一怒之下，他以为母守孝为名径奔庐山。岳飞此时奔走对当时的战局和政局的影响重大。因为宋军打听到金兵即将南下的消息。岳飞一走，中线防线将出现一个巨大的豁口。虽然岳家军尚在，但代理岳家军的大将张俊听到岳家军士兵这样的答复：“朝廷使张侍郎代公，公不复还矣！张太尉以此辞疾，诸将往往或效之。”大将张宪更是带头称病不理军务，其他将士也都效仿。
在高宗看来，这是以抗命来来要挟，《宋史高宗本纪》记载，张俊在向高宗汇报时说“岳飞积虑，专在并兵，奏牍求去，意在要君。”短短的十六个字给高宗的内心阴影不可磨灭。当时金兵的威胁尚在，解除其兵权的时机尚不成熟。后在高宗再三下诏后岳飞返回朝廷并向高宗请罪。高宗接受了岳飞的道歉，但是高宗的一席话却是很值得品味的。“卿前日奏陈轻率，朕实不怒卿。若怒卿，则必有行遣，太祖所犯吾法者，惟有剑耳！”高宗虽有隐忍，但其引用太祖的话以示警告，其真实语意可以看出一二，隐约之间已暗藏杀机。
岳飞一心只想尽快统一北方，但是宋高宗并不这么想，臣之于君，君第一考验的是臣子的忠诚度。手握重兵的大将违抗圣命，这是将之大忌。岳家军在岳飞离开后的表现，心思缜密的高宗恐怕为之胆寒，军队不知有朝廷，只知有统帅。这笔账也为岳飞之死埋下了伏笔。
第二是介入立储风波。
立储问题向来是历代皇帝最核心最敏感的神经。而对于宋高宗来说又是极为特殊的。岳飞不止一次触犯宋高宗手中最特殊的皇权神经。
宋高宗在登基之初经历了人生中对其影响最大的“苗刘兵变”，正是这次兵变使宋高宗对武将尤为警惕，也正是这次兵变，使高宗受到惊吓丧失了生育能力。尤为特殊的是在之前唯一的儿子已经夭折。为了增加其执政的合法性，高宗把太祖一系下的两个后人过继到自己门下。但没有立太子。亲子早折，再无后人，使高宗的心态发生微妙的变化，立继子又随时可能会威胁其统治。
绍兴七年三月，岳飞觐见高宗。岳飞提出早日立太子的建议。《高宗系年要录》记载：风动纸摇，飞声战不能响。岳飞之所以如此胆战以至于连话都说不清楚，我们可以从高宗的回答中得到答案，“卿将兵在外，此事非卿所当欲！”
统帅近全国一半人马的大将对立储问题如此关心，这已经超越揭开皇帝个人隐私痛处的伤害度，而是触犯皇权的直接体现。岳飞多次提及立储问题，是出于江山未稳，立储以稳人心的角度考量，是出于一个臣子对于一个皇帝，一个国家的忠诚角度出发，而一片忠心在高宗那里换来的是一片疑心。
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