国际检察处在1945年底先后分批逮捕了一百余名的日本主要战犯(“甲级战犯”)，对他们进行了普遍的侦讯，录取了大量的口供，并且在侦讯过程中还以“罪嫌不足”为借口擅自陆续释放了好几名犯人。同时，对这近百名在押战犯的罪行，检察处从法庭档案室里堆积的大量日本政府档案以及各盟国送来的许多文件中辛勤地做了一番挖掘、整理的工作。此外，对个别战犯的罪行还有重点地派员到外地进行过一些实地调查和证据采访。
因此，到了1946年开春，检察处对于所有在押的甲级战犯们的历史、地位和罪行已经摸出了一个初步轮廓，对于他们之间错综复杂的政治关系也有了一个大体上的了解。他们此时所掌握的材料勉强够初步草拟起诉书之用。
但是在草拟起诉书之前，有一个先决问题，那便是：在这许多在押的甲级战犯之中，究竟有多少人、是哪些人应该首先作为被告起诉，提请法庭列为第一案去审理?显然，把全体在押战犯都包括在一个案件中去起诉受审是不适宜的。那时正在开庭的纽伦堡国际法庭，其受审的被告德国首要战犯也不过二十二人;而纽伦堡所审理的案情比东京法庭将审理的却简单得多，犯罪的年代也短一些。因此，国际检察处遂决定首批受审的人数应以纽伦堡受审的人数为标准，即使稍微有所增加，亦不应超过三十名。
另外一个先决问题，便是：在控诉被告们的犯罪行为时，其犯罪年代应从什么时候算起?到什么时候为止?对于犯罪行为应算到1945年日本投降时为止，检察人员是一致同意的。对于犯罪行为应从什么时候算起，他们之间却存在着很大的不同意见，发生过严重的争执。有些人说：远东国际法庭审理的是第二次世界大战中日本战犯们的罪行，而日本对外侵略之所以变为世界大战的一部分是由于日军偷袭珍珠港。进而引起它对一系列国家的战争，所以1941年12月7日日军偷袭珍珠港事件应该作为犯罪日期的起点。有的人说：日军之所以偷袭珍珠港以及随之而来的对一系列太平洋国家作战，都是为了要解决它对中国的战争，前者不过是后者的继续和延长，因此，1937年7月7日日军在卢沟桥发动的全面侵华战争应该被认为是犯罪日期的起点。又有人说：1937年卢沟桥事件不过是1931年9月18日日军侵占沈阳和开始吞并满洲(中国东北四省)的继续和延长，事实上中日战争自那时起便已开始，因此“九·一八事件”应该被认为是犯罪日期的起点。更有人说：1931年“九·一八事件”之所以发生，其导因是1928年4月日军在皇姑屯炸死张作霖事件，从那时起日本侵占全中国的企图便已暴露无遗，而中日实际敌对状态那时便已发生，是故正本清源，被告战犯们的犯罪日期应从1928年算起。最后的这个主张无疑地是比较正确的，合乎逻辑的。从中国人的观点来说，也还算差强人意的。当然，这个日期还可以推得更久远一点，但是推得太久远了，提证是有困难的。
国际检察处经过郑重考虑和辩论之后，便决定采取最后的这一主张，因而对日本战犯们提起控诉的犯罪行为是从1928年(皇姑屯炸案)起至1945年(日本投降)止，总共约十七年的光景。
在起诉对象的人数(约二十至三十人)和犯罪的时期(约十七年)两个问题决定之后，检察处面临的另一个更困难的问题便是：哪一些在押的甲级战犯应该首先被起诉?换言之，哪二三十名甲级战犯应该被挑选出来作为第一案的被告，使其首先在远东国际法庭受审?
这个问题在检察处内部是有过很激烈的争议的。诚然，对于某些罪大恶极、臭名远扬的元凶巨魁如东条英机之流，大家是毫无异议的。但是对于比较次要的人物，各人却有不同的意见。例如，苏联陪席检察官自始便坚决主张鲇川义介(贵族院议员，满洲重工业日产社社长)和中岛知久平(中岛飞机之创始人，历任商相、铁相、军需相)应该列名为第一批受审的被告。但是季楠检察长未予同意，因为鲇川和中岛都是日本的大企业家、大资本家，而袒护财阀和资本家，自始便是美国政府的既定政策。关于这一点，我们在评述乡古洁(三菱重工业社社长)被突然释放时便已经提到过。
经过长时间的讨论和争辩，季楠最后决定挑选下列二十八人作为第一批起诉的被告(其顺序是按照其姓氏的英文字母的先后顺序排列的)：
1.荒木贞夫(ARAKI，Sadao)
2.土肥原贤二(DOHIHARA，Kenji)
3.桥本欣五郎(HASHIMOTO，Kingoro)
4俊六(HATA，Shunroku)
5.平沼骐一郎(HIRANUMA，Kiichiro)
6.广田弘毅(HIROTAKoki)
7.星野直树(HOSHINO，Naoki)
8.板垣征四郎(ITAGAKI，Seishiro)
9.贺屋兴宣(KAYA，Okinori)
10.木户幸一(KIDO，Koichi)
11.木村兵太郎(KIMURA，Heitaro)
12.小矶国昭(KOISO，Kuniaki)
13.松井石根(MATSUI，Iwane)
14.松冈洋右(MATSVOKA，Yosuke)
15.南次郎(MANAMI，Jiro)
16.武藤章(MVTO，Akira)
17.永野修身(NAGANO，Osami)
18.冈敬纯(OKA，Takasumi)
19.大川周明(OKAWA，Shumei)
20.大岛浩(OSHIMA，Hiroshi)
21.佐藤贤了(SATO，Kenryo)
22.重光葵(SHIGEMITSV，Mamorw)
23.岛田繁太郎(SHMADA，Shigetaro)
24.白鸟敏夫(SHIRATORI，Toshio)
25.铃木贞一(SUZUKI，Teüchi)
26.东乡茂德(TOGO，Shigenori)
27.东条英机(TOJO，Hideki)
28.梅津美治郎(UMEZU，Yoshijiro)
这二十八名战犯绝大多数都是在1945年底先后被捕的，早已被羁押在巢鸭监狱。但是其中有四个人情况并不是那样。他们是：重光葵、梅津美治郎、板垣征四郎、木村兵太郎。
重光葵和梅津美治郎是日本的投降代表。1945年9月2日盟国代表在东京湾密苏里号军舰上举行受降仪式的时候，他们二人分别代表日本天皇、日本政府和日本大本营在日本投降书上签了字。因此，盟军总部对他们多少有些“好感”，或者至少认为对他们应该有点“照顾”。所以，在四次逮捕令中，他们始终没有被列名为逮捕的对象。但是以其地位之高和罪恶之大，他们不但有资格被列为“甲级战犯”，而且应该列名为首批受审的主要战犯。事实上，检察处在决定首批受审人选的时候已经这样做了，他们是正式列名在起诉书里被控的两个人。然而对他们的逮捕却与向法庭提出起诉书同时。因此，他们入狱的时间便算是在正式起诉之后。正如我们在前面所指出的，在起诉书正式提出之后，检察官和被告便处于对立地位，彼此是不能有所往来或接触的。由于这个原因，检察处对他们二人便没有时间进行任何侦讯和录取口供的工作。在检察处对重光和梅津的控诉材料中，侦讯报告或本人口供是不存在的。
板垣征四郎和木村兵太郎也有类似的情况。他们二人之所以未被列名于1945年那四次逮捕令中，倒不是由于对他们有什么特殊照顾，而是因为他们那时都不在日本国内。当日本投降的时候，板垣大将和木村大将都在海外作战，担任着重要的军职(板垣是日本第七战区总司令，驻扎在新加坡;木村是缅甸派遣军总司令，驻扎在仰光)。在日本投降之后，他们都遭到当地政府的拘捕。由于他们的劣迹昭彰，早已被国际检察处选为第一批起诉的对象。但是等到开庭的前夕，他们才被押解来到东京，投入巢鸭监狱。因此，检察处也来不及对他们进行侦讯或录取口供的工作。
除了上述四人之外，其余二十四人都长期被羁押在巢鸭监狱里，并且都经过检察处很认真的侦讯，都有很详尽的口供书存案。在法庭审讯的过程中，这些口供都充分地被检察处作为证据利用了。
对于第一批起诉的这二十八名被告主要战犯的名单，人们大体上是感觉满意的，遗憾的只是检察处出于微妙的原因没有把任何重要的财阀、大资本家如鲇川义介、久原房之助、中岛知久平之流列名其间。但是，除了这个缺点之外，名单还算是差强人意的;所有的被告都是长期骑在日本人民头上的野心勃勃、罪恶昭著的法西斯侵略分子。在日本多年来的政治、军事、外交宣传各方面的罪恶活动中，他们的重要性是特别突出的。
把这二十八名被告战犯的地位或罪行分析一下，我们便可发现其中有：
(一)曾任国务总理大臣的东条英机(太平洋战争的发动者)、广田弘毅(老牌外交家)、平沼骐一郎和小矶国昭(老牌法西斯军人)。这四个首相都是日本政界中赫赫威名、不可一世的人物，在整个起诉期间(1928—1945年)，他们都是日本对外侵略活动中的首要分子。
(二)积极鼓吹侵略的老牌军国主义典型人物荒木贞夫、南次郎。
(三)对华长期侵略中活动最力、罪恶最大的土肥原贤二、板垣征四郎、梅津美治郎，以及对中国人民施以残酷暴行的主犯松井石根、俊六。
(四)战时日本经济动员和对华经济榨取的主要策划者和执行者、理财家贺屋兴宣、星野直树。
(五)东条内阁发动太平洋战争的主要策划者及参加者永野修身、岛田繁太郎、木户幸一、铃木贞一、佐藤贤了、冈敬纯。
(六)太平洋战争期间在菲律宾、缅甸各地实施残酷暴行的主犯木村兵太郎、武藤章。
(七)积极推动侵略阴谋的老牌外交家重光葵、东乡茂德、松冈洋右，以及积极勾结德意轴心国家组织反共军事同盟的大岛浩、白鸟敏夫。
(八)疯狂鼓吹法西斯主义和对外侵略政策的理论宣传家和煽动家大川周明、桥本欣五郎。
把二十八名被告分为以上八类并不是绝对准确的，因为在这些人的长期活动中，他们的所作所为是很复杂的，多种多样的，并不限于一格。上述划分只是就他们长期的复杂的活动中最突出的重点而作出的。同时，从这八类的分法之中，我们也可以看出：检察处之所以把他们列为第一批起诉的对象绝不是偶然的，而是因为他们在全部日本对外侵略战争中不但是主要的人物，而且是有代表性的人物。苏联派到远东国际法庭的陪席检察官高隆斯基在1947年3月27日关于“日本首要战犯的审判”的一次讲演中把东京被告战犯们分为五类，即(一)国务总理大臣;(二)军事要人;(三)外交要人;(四)财政经济要人;(五)日本帝国主义思想家。他把宫廷重臣木户幸一侯爵列于五类之外而独自成为一类。这虽不失为一种可行的分类法，但是它的毛病却是在各类战犯的数字上太不平衡。被告中可以列入“军事要人”一类的要占半数以上，而其他各类却只能有二三人或三四人。此外，把许多“军事要人”笼统地划为一类也不易表现他们各自的特征和罪责重点之所在。因此，我们不采取高隆斯基的分类法。
当然，这二十八名战犯的代表性并不是完全的，可能还有不少在这八个方面或其他方面有代表性的战犯不曾被包罗进去。不过照原来国际检察处的设想，这只是起诉的第一案，其他重要战犯将来在第二案，甚至第三、第四案中还是要起诉的。这是当时国际检察处以冠冕堂皇的声明所郑重保证的。但是，后来事情的发展却证明完全不是这样。由于美国包庇日本反动势力的倾向越来越露骨，在远东国际法庭审讯第一案的过程中，国际检察处便把绝大部分在押的日本甲级战犯都个别地或分批地擅自释放了。在远东国际法庭对第一案宣判不久，国际检察处把巢鸭监狱所剩余的惟一的一批甲级战犯索性也全部释放了。至此，起诉的对象便完全消失了，远东国际法庭已经无事可做、无案可审了，结果只有无形解散。这种虎头蛇尾的做法曾引起过日本群众的非议和不满。他们问道：同样是甲级战犯，罪恶相差不远，何以有些人便判处绞刑或终身禁锢，有些人却完全逍遥法外，不但没有受到法律制裁，而且连受审都不曾经过?
对日本群众的这个问题，要找到一个合乎逻辑的答复是很难的。因此，我们惟有承认：东京审判，正如纽伦堡审判一样，只能被认为是对战犯们的一种“象征性”的惩罚。
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