这个问题在检察处内部是有过很激烈的争议的。诚然，对于某些罪大恶极、臭名远扬的元凶巨魁如东条英机之流，大家是毫无异议的。但是对于比较次要的人物，各人却有不同的意见。例如，苏联陪席检察官自始便坚决主张鲇川义介(贵族院议员，满洲重工业日产社社长)和中岛知久平(中岛飞机之创始人，历任商相、铁相、军需相)应该列名为第一批受审的被告。但是季楠检察长未予同意，因为鲇川和中岛都是日本的大企业家、大资本家，而袒护财阀和资本家，自始便是美国政府的既定政策。关于这一点，我们在评述乡古洁(三菱重工业社社长)被突然释放时便已经提到过。
经过长时间的讨论和争辩，季楠最后决定挑选下列二十八人作为第一批起诉的被告(其顺序是按照其姓氏的英文字母的先后顺序排列的)：
1.荒木贞夫(ARAKI，Sadao)
2.土肥原贤二(DOHIHARA，Kenji)
3.桥本欣五郎(HASHIMOTO，Kingoro)
4俊六(HATA，Shunroku)
5.平沼骐一郎(HIRANUMA，Kiichiro)
6.广田弘毅(HIROTAKoki)
7.星野直树(HOSHINO，Naoki)
8.板垣征四郎(ITAGAKI，Seishiro)
9.贺屋兴宣(KAYA，Okinori)
10.木户幸一(KIDO，Koichi)
11.木村兵太郎(KIMURA，Heitaro)
12.小矶国昭(KOISO，Kuniaki)
13.松井石根(MATSUI，Iwane)
14.松冈洋右(MATSVOKA，Yosuke)
15.南次郎(MANAMI，Jiro)
16.武藤章(MVTO，Akira)
17.永野修身(NAGANO，Osami)
18.冈敬纯(OKA，Takasumi)
19.大川周明(OKAWA，Shumei)
20.大岛浩(OSHIMA，Hiroshi)
21.佐藤贤了(SATO，Kenryo)
22.重光葵(SHIGEMITSV，Mamorw)
23.岛田繁太郎(SHMADA，Shigetaro)
24.白鸟敏夫(SHIRATORI，Toshio)
25.铃木贞一(SUZUKI，Teüchi)
26.东乡茂德(TOGO，Shigenori)
27.东条英机(TOJO，Hideki)
28.梅津美治郎(UMEZU，Yoshijiro)
这二十八名战犯绝大多数都是在1945年底先后被捕的，早已被羁押在巢鸭监狱。但是其中有四个人情况并不是那样。他们是：重光葵、梅津美治郎、板垣征四郎、木村兵太郎。
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