战役过程
1941年4月30日，新西兰的伯纳德·弗赖伯格将军被任命为驻克里特岛盟军司令。
到5月时，希腊驻岛守军大约共9,000人:希腊陆军第5步兵师的3个团，师团大部份部份已在德军入侵希腊时转到本土作战;克里特岛宪兵队(拥有一个团级兵力);伊拉克利翁防卫旅，一个防卫旅级部队—大部份负责运输及物资供应的部队;及第12和第20希腊步兵师的残余，他们撤退到岛上及接受英国军官指挥，亦有一些是军校的军校学生及本来在伯罗奔尼撒的希腊训练中心招募当兵，后来被转到克里特岛以替换调往本土作战的已受训士兵，他们已经被重新编组入数个招募训练旅，及基于此重新组建希腊军队，再加入从本土到达作战经验丰富的士兵。
大英帝国协助派遣军包括原本14,000名英国守军及另外25,000名从本土撤退到此的大英帝国协助派遣军队，这些撤退士兵分别从在数次撤退行动中混合而成——大体上他们是未受伤害的部队，被指挥官混合一些其他部队没有指挥官的残余，但他们大部份欠缺重型装备，主要组成部队分别有新西兰第2师，缺第6旅及师团直辖部队;澳大利亚第6师第19步兵旅;英军第14步兵旅，总共大约有15,000名装备齐全的大英帝国协助派遣士兵，另外有5,000名士兵没有装备及一个混合(澳大利亚)炮兵连，5月4日，弗赖伯格拍发电报给中东英军总司令阿奇博尔德·珀西瓦尔·韦维尔，要求将10,000名没有或欠缺装备的士兵撤走，以免为本地平民带来麻烦，但只有少数能在战役开始前离开。
1941年4月25日，希特勒签署元首第28号命令，命令入侵克里特岛，由于驻守在亚历山大港的皇家海军控制了克里特岛一带的水域，因此任何登陆作战的决定将会是从空中优先考虑多于从海上，以减低战役的风险，加上德国空军的强大，因此决定实施空降入侵。
这是实际上首次大规模空降入侵作战，虽然在之前的入侵法国、低地国家、挪威及希腊本土时已小规模使用伞兵空降及滑翔机机降，在后者的战例中，德军伞兵占领了科林斯运河上的大桥，它已被准备被皇家工程兵炸毁，德军工兵在桥附近使用滑翔机机降，而伞兵则进攻一周长内的防守，大桥在战斗中被破坏，因此减缓了德军的前进速度及令盟军有足够时间将18,000名士兵撤退到克里特岛及将另外23,000名士兵撤退到埃及，尽管失去了大量重型装备。
计划是使用伞兵占领岛上重要地点，包括机场以运入供应及增援部队，德国第11伞兵军负责指挥德军第7空降师(将主要由伞兵空降及使用滑翔机机降)及德军第22空降师(在第7空降师占领机场后机降)实施进攻，进攻日期定于5月16日，但后来被推迟到5月20日及由第5山地师代替第22师。
当时，盟军指挥官们已经从Ultra截听中知道即将来临的入侵，弗赖伯格将军被通知德军的战役计划，及开始在机场附近及沿北部海岸建立防御工事，但是，他也受到缺乏现代化装备之苦及必须面对现实，敌军即使配备轻武器的伞兵，如果集合起来亦能拥有强大火力，加上，虽然Ultra截听向弗赖伯格将军提供有关德军的详细情报，但破解密码的人只是翻译员，不是技术专业人员，不知来龙去脉的人因此误解了情报内容，例如，德军的信息描述了海上运输的行动，这严重影响了弗赖伯格的军事部署，因为他估计德军将从海上登陆，这与德军准备在马莱迈机场空降的原本目标大相迳庭，而且，他亦受其上司的束缚，他曾要求破坏在岛上的机场，如果被德军攻占，亦不能被敌军用来空运增援部队，但这个要求被其上司否决，因为他们考虑当战役胜利后可利用这些机场攻击德军。
德国军事情报局局长海军元帅威廉·卡斯里纳原本报告克里特岛上只有5,000名英军及没有任何一个希腊士兵，不清楚卡斯里纳被错误通知或尝试破坏希特勒的计划(卡斯里纳后来被怀疑参与策划1944年7月20日密谋案而被处以死刑)，军事情报局亦估计克里特岛居民会视德国人为解放者而欢迎德军，基于他们强烈欢迎共和制及不接受君主专制政体，及希望享有一些“…有利的及已在本土订定的条款…”，而拥护共和政体的已故希腊首相埃莱夫塞里奥斯·韦尼泽洛斯也是克里特岛人及岛上很多人均支持他的想法，德国人低估了他们的爱国主义，事实上，希腊国王乔治二世及其随从是在希腊及大英国协的士兵帮助下经克里特岛逃离希腊，克里特岛平民，他们如果在之前成为战俘的，如今被德军释放。
德国第12军团的情报比较不乐观，但亦相信英国军队比之前已经削弱，及低估了从希腊本土撤退到来的希腊士兵数量，战区指挥官亚历山大·罗尔上将则认为2个师团的兵力已足够攻占全岛，但仍决定增调在雅典的第6山地师作为预备队，但后来事实证明这是明智的预防措施。
岛上有三个机场。伊腊克林机场，能起降各型飞机;马拉马机场，只能起降战斗机;雷西姆农机场，还未能完工。但这些机场，却对德军空降登陆作战起了重要作用。
德国空降兵创始人——第11航空军军长库特·斯图登特中将向第4航空队司令亚历山大·勒尔建议，在克里特岛实施一次真正大规模空降作战行动，以证明空降部队的战略价值。在戈林首肯后，施图登特和空军参谋长汉斯·耶顺内克4月21日向希特勒当面汇报。
听取施图登特报告时，凯特尔提出先由空降部队攻占马耳他岛。希特勒认为，“尽管马耳他这个英国基地比克里特岛更重要、更危险，但是应该看到，控制了克里特岛，就会威胁英国在地中海区域和中东的阵脚，保护罗马尼亚的普洛耶什蒂石油基地免受英国袭击，还可以把该岛作为进入中东各国的前进基地。所以，我们目前更需要以克里特岛的辉煌胜利来结束巴尔干战争”。虽然希特勒同意克里特岛空降作战，但担心会影响即将开始的“巴巴罗萨”行动，要求“陆军总司令部和空军总司令部应将必需的载重汽车提供给国防军运输勤务主任支配。不可因进行这种运输而延误了‘巴巴罗萨’行动的准备工作。”4月25日，希特勒下达了代号为“水星”的第289号作战指令，规定以空降部队为主占领克里特岛。其中原因有三：一、克里特岛与在欧洲大陆和附近岛屿上的德空军基地相距很近，德空军具有绝对优势，而英军在埃及、马耳他和马特鲁的空军基地距该岛甚远，一时又无法调拨和部署大量空军兵力;二，德军尽快结束巴尔干战事，以便腾出手实施追在眉睫而又已经被推迟的“巴巴罗萨”计划;三，除潜艇外，德海军在地中海没有任何兵力，在塔兰托和马塔潘角遭英国海军两次打击的意大利海军，无力为海上登陆部队护航。
亚历山大·勒尔同施图登特在作战计划上发生分歧。勒尔坚持首先全力以赴，以绝对优势兵力夺取克里特岛西部，尔后以此为基地夺占整个岛屿。施图登特则主张在岛上约7个地点同时空降，以期在对方猝不及防的情况下占领岛上所有要地，进而夺取整个岛屿。最后，基于空降兵力不足、空军有限等因素的考虑，戈林进行折衷——进攻部队首先夺占4个最关键地点，保证占领全岛。整个战役大致分为四阶段，即夺取制空权，占领登陆场，集结兵力，歼灭岛上防守部队。为保证得到空军的全面支援，最初的空降突击分两个波次实施。首先，第一波突击西部的马利姆和苏达港地域;然后，待运载第一波部队的飞机飞返后，第二波突击雷西姆农和伊腊克林地域。这两个波次将得到伞兵部队的加强和机降部队的支援，继而得到海上登陆部队的支援，直到占领全岛。德军投入的兵力计有第4航空队所属第8、第11航空军(轰炸机433架、歼击机233架、运输机500架、侦察机50架、运输滑翔机72架以及隶属于第11航空军的第7空降师)、1个独立空降团，第5山地师以及登陆部队约7000人和各种舰船约70艘。其作战部署：第7空降师(辖伞兵第1、第2、第3团)和空降兵独立团组成空降突击集群;第5山地师为预备队，准备实施机降或登陆增援，第8航空军负责空中掩护和火力支援;海军东南舰队负责海上支援。空中突击机群分为3个集群，分别在4个地点空降：西部集群由空降独立团组成，空降突击马利姆地域;中央集群由第7空降师第2团(欠第2营)、第3团组成，突击苏达港和雷西姆农地域;东部集群由第7空降师的第1团以及第2团主力组成，负责夺占伊腊克林机场地域。按计划，德军将得到在克里特岛东南岸登陆的意军支援。
英军于1940年10月28日，曾向克里特岛派驻了6000人的部队。加上后来从希腊陆续撤退的希军、英军，共计1个师、1个旅、2个团、11个营又5个连，总数约4.4万人，其中希腊军约1.4万，英联邦军队约3万。新西兰师师长弗赖伯格少将被任命为克里特岛守军司令，统一指挥岛上部队。
5月6日，英国情报机关掌握德军的空降作战细节和可能的攻击日期，立即通报守军。弗赖伯格认为，德军主力从海上登陆，空降突击只不过是夺取机场和港口。因此，苏达湾和马拉马机场作为重点防御，以其为核心构成支撑点式防御体系，将全岛划分为四个独立防区：马拉马防区、苏达湾防区、雷西姆农防区和伊腊克林防区。马拉马防区和苏达湾防区分别布置新西兰军1个旅和英军1个营为预备队。仅有的6辆坦克，分别配属在3个机场。3个轻型高射炮连和2个重型高射炮连担负对空防御。英军对支撑点进行伪装，设置了假阵地和假目标，并最大限度利用复杂地形部署火力。补给是英军防御准备中的最大困难，港口每天卸载的物资从最初的700吨，一直下降到仅100吨。弗赖伯格根据德军入侵荷兰在公路、海滩等开阔地带进行机降的战例，认为德军对机场的依赖性不强，而英军还将使用机场，所以没有破坏机场。
1941年5月16日，英军击落一架德军侦察机。被俘飞行员供称，攻击在未来四十八小时里开始。1941年5月17日，英军全面进入最高戒备状态。1941年5月18、19日，德军空袭频繁、猛烈。英军侦察机也发现德军在希腊南部机场集结了大量空降部队和飞机，由于英军在该地区航空兵太过薄弱，几次轰炸，效果并不显著。
5月20日凌晨2时，德军空降引导小组在克里特岛着陆，接应后续部队空降。凌晨4时30分，德军第一攻击波起飞。凌晨5时，德第8航空军向马拉马、伊腊克林机场和干尼亚市区进行了猛烈的航空火力准备。
7时许，迈恩德尔上校指挥的由滑翔突击团(辖四个营)组成的西部战斗群飞临马拉马机场。第1营着陆后，主力从西面向机场发起攻击，另一部分攻击连接该岛东西海岸唯一的塔威拉尼蒂斯河大桥。7时30分，德军夺下大桥。第3营恰巧着陆在新西兰军第22、23营的预设阵地，全营所有军官和2/3的士兵阵亡，完全丧失战斗力。第2、4营在机场附近伞降，着陆后无法集合成建制单位，情况被动。西部战斗群的指挥官迈恩德尔上校在着陆时身负重伤。由于第3营丧失战斗力，只得改变计划，先攻击机场附近的制高点107高地，然后夺取机场。德军伞兵损失很大，却毫无进展。
第一批空降部队还有在干尼亚附近的加拉图斯地区着陆的中部战斗群的伞兵第3团，由第7空降师师长萨斯曼少将亲自率领。起飞20分钟后，萨斯曼和师部乘坐的滑翔机失事，萨斯曼和师部成员全部丧生。伞兵第3团着陆散布过大，而且降落中遭到密集火力射击，损失颇大。其中，第3营降落在新西兰军第4旅的防区，几乎被全歼。第1、2营在英军打击下被迫就地构筑工事，转入防御。德军因通信中断，施图登特不知第一攻击波严重受挫，仍按原计划组织第二攻击波，向雷西姆农和伊腊克林实施空降攻击。运送第一攻击
波的运输机陆续返回出发机场，由于降落秩序大乱，几架坠毁的飞机堵塞了跑道，更影响了后续飞机的着陆，在降落中损失的飞机甚至大大多于战斗损失。中午，斯图登特才知道马拉马机场还在英军手中，不久又收到干尼亚地区空降部队的报告，中部战斗群因伤亡惨重而停止进攻。斯图登特马上组织第二攻击波增援。德军第二攻击波组织混乱，直到16时，大部分飞机还在机场。零零落落地到达克里特岛上空后，空投断断续续达3个多小时。由于起飞时间延误而没有得到战斗机的空中掩护，损失更为惨重。中部战斗群空降雷西姆农，原计划伞兵第2团的第1、第3营分别在机场的东西两侧着陆，对机场向心攻击。因伞兵着陆散布过大，第1营只有1个连在预定降落地点着陆，团长斯利姆上校和团部及直属的两个连降落在澳大利亚军阵地，死伤过半。直至黄昏，该团也没有夺取机场。
东部战斗群由布劳尔上校指挥，伞兵第1团和第2团第2营组成，共4个营，夺取伊腊克林市区和机场，布劳尔计划各使用1个营攻击市区和机场，另2个营分别在东西两翼进行侧翼掩护。但起飞时间延误，而且还有600人因飞机损失而滞留出发机场。空降持续两个多小时，着陆分散，建制混乱。布劳尔着陆后，看情况不好，于是集中攻击机场，但直至天黑，毫无进展。
在雅典的斯图登特意识到战局不利，三个机场无一得手，已着陆部队缺乏统一指挥，伤亡惨重，极有可能全军覆没。当时，德军一直在攻击马拉马机场及其南部制高点107高地。防守机场的新西兰军第22营，辖4个步兵连，兵力平均配置在机场和107高地。营部设在107高地。激战中，机场与高地两处守军失去联系。下午，高地守军撤向山顶，在得不到增援的情况下，指挥官丧失继续坚守的信心，在得到批准后撤离。
此时，德军西部战斗群也非常困难，不得已停止进攻。午夜，不足600人的德军竭尽全力最后一击，从西、南两翼偷袭，没料到摸上高地，英军已撤离。天亮后，德军居高临下一举攻占马拉马机场。107高地的得失直接影响马拉马机场的得失，马拉马机场的得失又决定了克里特岛之战的胜负。
21日清晨，施图登特将滞留机场的600名伞兵空降马拉马机场。16时，第5山地师乘飞机陆续到达，至日落时分，第5山地师已有一个团机降着陆，德军实力明显增强，战局开始向有利于德军的方向转变。英军通信系统在德军猛烈空袭下遭到严重破坏，弗赖伯格没及时获悉马拉马机场失守，错失夺回机场良机。当他得知马拉马的情况后，命令连夜实施反击。可惜命令没及时传达，22日天亮英军才发起反击。在机场附近公路上遭到德军航空兵猛烈攻击，反击未能奏效。
在雷西姆农和伊腊克林，德军依然没有转机，甚至连在雷西姆农指挥作战的伞兵第2团团长斯利姆上校战斗中被俘。23日天亮后，德空军迫使英海军撤回亚历山大港。德军随即从海上向克里特岛运送重装备和部队，岛上的战局进一步有利于德军。24日，德军完全占领马拉马地区，并开始向干尼亚发起进攻。第5山地师师长林格尔少将抵达岛上，接过了西部战斗群的指挥权。当天，西部战斗群与中部战斗群会师。25日，林格尔指挥第5山地师的一个团和滑翔突击团、第3伞兵团的余部全力进攻干尼亚。
26日，德军突破干尼亚防线。27日，德军攻占干尼亚市区。28日，德军占领苏达湾。同时，意军一个加强团在克里特岛东岸登陆。29日，德军占领雷西姆农，并与伊腊克林附近的空降部队会合。1941年6月2日，德军完全占领克里特岛。
德国人在克里特岛使用了一些新武器：40式75毫米轻型迫击炮(实际上是无后座力炮)，重320磅(145kg)，它的重量只是德国正式的75毫米战防炮的十分之一，亦只有同系列火炮的三分之二，它可向3英里(5公里)外的目标发射13磅(6kg)炮弹，加上伞兵使用的MP40冲锋枪及装有手动枪机的Kar98k步枪。
德国人利用降落伞的颜色来分配不同需配备的步枪、弹药、集体使用的武器及其它物资，投放重型装备如40式无后座力炮时则使用降落伞背带。
士兵会穿着特别军服，以给予低飞的军机提供空中支援及空投物资。
与其它国家的空降部队的个人武器是用带捆绑在伞兵身上不同，而德军的空降程序是伞兵个人武器是用空降罐投放的;这是主要的分别，当武器从飞机被投下来以阻止伞兵被狙击手射击前，伞兵在降落后很短时间内只有靠身上的武器如刀或避开射击，这样设计亦出现其他问题：标准的德军降落伞只有一个单独的扣板连系伞兵及降落伞，因此伞兵不能携带多一些武器及可能在降落时对伞兵做成危害，而只有百分之二十五的伞兵配备冲锋枪也是很大缺点，很多轻机枪都是放在投放筒内。
希腊军队士兵配备了6.5毫米曼利夏-舍瑙厄尔M1903步枪或奥地利制造的8毫米李恩菲尔德M1895狙击步枪，后者是第一次世界大战时代的产物，大约1,000名希腊士兵使用年代久远的FusilGrasmleM1874狙击步枪，守军已将他们最好的武器投入了之前的本土防卫战中，他们有12支将废弃的圣艾蒂安M1907轻机枪及40支其它各或轻机枪，很多希腊士兵以配备了少于30发的子弹及不能从英军方面获得补给，因为英军的子弹口径跟他们不一样，这严重影响了他们在战役中的位置;他们将弹药不足的军火库设在岛的东部，因为他们估计德军不会进攻这里，装备不足的希腊人只能靠精神感召;历史学家克里茆托弗·巴克利描述他们的战斗是充满勇气及不屈不挠的。
英国士兵使用其标准李-恩菲尔德步枪、布伦轻机枪及维克斯式中型机枪，盟军在克里特岛没有足够的通用运输车或货车，各快速反应部队提供额外的机动力及火力在空降前对付伞兵的进攻。
盟军共有85门各式各样的火炮，大部份从意大利军处虏获的，而且没有瞄准器。
高射炮防御包括一门装配有自动发射的20毫米轻型高射炮，部署在两个机场之间，炮管已被小心封存，用橄榄树林掩护，士兵被命令在德国空军战斗机及俯冲轰炸机出现时不能发射以免暴露位置。
盟军的装甲力量包括9辆属于第7皇家坦克团B装甲营的马蒂尔达IIA型步兵坦克及16辆属于第4女皇私人轻骑兵队C装甲营的马克6型轻型坦克，一般来说当时大部份英军坦克装配了2磅炮(40毫米)，只可发射穿甲弹，对攻击步兵效用不大(在这样小口径火炮中使用高爆炸弹实用性不大)。
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